Die Cranio-Sacral-Therapie beruht unter anderem auf der Annahme, dass sich die rhythmischen Pulsationen der Gehirn-Rückenmarksflüssigkeit auf die äußeren Gewebe und Knochen übertragen und somit per Palpation ertasten lassen. Die Einzelknochen der Schädelkalotte werden auch bei Erwachsenen als gegeneinander beweglich angesehen.
Bei einer typischen Cranio-Sacral-Therapie-Sitzung liegt der Patient in der Regel bekleidet in Rückenlage auf einer Behandlungsliege. Die Sitzung dauert im Schnitt etwa eine Stunde. Der Therapeut arbeitet mit seinen Handflächen oder Fingern vorwiegend mit minimalen Zug- oder Druckkräften.
Er arbeitet dabei entweder in die von ihm als physiologisch sinnvoll empfundene Richtung oder er folgt der von ihm erfühlten Gewebespannung, um sie zu reduzieren. Ein wesentlicher Aspekt liegt dabei auf dem Ertasten und Verändern des cranio-sacralen Rhythmus.